U kunt tijdens het onderzoek uw kleding aanhouden, mits daar geen metaal in voorkomt zoals in ritssluitingen, gespen, haakjes, knopen en beugelbeha's.
Tijdens het onderzoek ligt u op een beweegbare onderzoekstafel. Deze wordt in een ronde tunnel geschoven die aan beide zijden open is. Het lichaamsdeel dat onderzocht moet worden, ligt midden in de tunnel. Het is heel belangrijk dat u gedurende de gehele tijdsduur van het onderzoek stil blijft liggen. Als u niet stil ligt, kan de opname mislukken en moet deze worden overgedaan. Het onderzoek bestaat uit meerdere opnames. U krijgt een belletje waarmee u zo nodig contact kunt maken met de laborant(e) tijdens het onderzoek. Als u op tafel ligt, kan de laborant(e) met u praten via een microfoontje in het apparaat.
Wanneer u in de MRI-scanner ligt, hoort u een sterk kloppend geluid op de momenten dat de opnames worden gemaakt. Om de geluidsoverlast te beperken, krijgt u een koptelefoon op. Als dit niet mogelijk is, krijgt u oordopjes. U kunt eventueel naar (uw eigen) muziek luisteren.
Bij sommige patiënten worden er opnames met contrastvloeistof gemaakt. Dit is meestal pas tijdens het onderzoek bekend. De contrastvloeistof, die via een infuus in een ader van uw arm wordt toegediend, is niet jodiumhoudend en kent nauwelijks tot geen bijwerkingen.